日本の公開データ研究マップ（JapanStatsMAPs）を公開しました
日本の公的統計を使った研究論文を、テーマ、データ源、解析データの年から探せるサイトの紹介。紹介動画、収載範囲、使い方、分類の方法と注意点をまとめました。
記事一覧
48件の記事があります。
Gemini Notebookをターミナルから使う ── 「notebooklm」スキル紹介
Gemini Notebook（旧NotebookLM）をターミナルから操作する「notebooklm」スキルの紹介。インストール手順とコマンド例を掲載しています。
【動画公開】臨床の質を上げる生成AI活用
講演「臨床の質を上げる生成AI活用」の動画を公開し、医療現場での安全な活用や講演の内容、配布資料の入手方法を紹介します。
申請書作成のための生成AI活用
研究費の申請書を準備する段階で、研究の着想を広げ、関連文献をもとに検討を絞り込むための2つの生成AIエージェントを紹介します。
生成AIを用いた論文執筆の倫理と可能性
水本篤さんの英語論文執筆ガイドを起点に、生成AIを使う際の文献確認や、論文を書く前の着想・研究計画の段階で生じる倫理的な課題を考えます。
Gemini で参照文献をつける方法（後編）：Gem、プロンプト公開
Geminiで臨床疑問を調べ、参照文献を確認するためのカスタムGem「Clinical Evidence Mapper」と、設定に使う指示文を公開します。
「Gemini」で参照文献をつける方法
前回の記事で、私は「システマティックレビューとメタ解析に基づき、GRADEシステムに沿って包括的に解説」するようなプロンプトを紹介しました。
医療現場での生成AI利用について：「学習オフ」だけでは不十分となる場合があります
医療現場で生成AIを使うとき、学習をオフにする設定だけでは足りない場合を、紹介状や会議録の事例とガイドラインに沿って解説します。
Chrome拡張のOpenEvidence Search Helper を公開しました：SR/MA優先・GRADE提案・日本語IMEガード付き
公開したChrome拡張機能「OpenEvidence Search Helper」の機能として、システマティックレビューの優先、GRADEの評価案、日本語入力中の誤送信防止を紹介します。
臨床的疑問の解決における二次資料（UpToDate）と検索/汎用AIの立ち位置
臨床的な疑問を調べるときのUpToDateと検索AIの使い分けを整理し、レビューを優先して探すためのOpenEvidence用Chrome拡張を紹介します。
OpenEvidenceを使い倒すためのChrome拡張機能を作ってみた話
医療情報検索AIのOpenEvidenceを使いやすくするChrome拡張機能を紹介し、システマティックレビューを優先する理由と、拡張機能を手動でインストールする手順を説明します。
「検証してから信頼する」— AI時代の医学教育における批判的思考の育て方
医学教育で「検証してから信頼する」をどう教えるか。NEJMの医学教育シリーズをもとに、臨床で生成AIの出力を吟味する方法を紹介します。
医療従事者が生成AIを活用するときにまずおさえておくべきこと
医療・教育で生成AIを使うときの注意点を整理し、OpenEvidenceの使い方や講演動画を紹介します。
教育機関における画像生成AIツールの利用ガイド
教育機関で画像生成AIを使う際の参考資料。著作権上の表現とアイデアの区別、教育目的の例外、倫理面の注意を整理します。
生成AIと批判的思考：大学教育への示唆
本記事は、Lee (2025)らの「生成AIの批判的思考への影響: 知識労働者の調査による自己申告された認知努力の軽減と自信の効果」に基づく大学教員向けの解説です。
研究者のためのzoteroセットアップ(Zotero7版)
研究者向けにZotero 7の導入手順をまとめ、文献をブラウザから取り込む方法、PDFを外部ストレージに置く設定、引用キーの管理や翻訳に使う拡張機能を紹介します。
RでQuartoを使用する際の個人的覚書
RStudioでQuartoを使い始めるときの覚書として、ドキュメントの基本設定、VisualモードとSourceモードの切り替え、Rのコードチャンクの挿入方法を紹介します。
その当直シフト調整GPTがやります: 数理最適化の実装
医療現場における当直表作成は、複雑な制約条件とスタッフの希望を両立させる必要があり、担当者にとって大きな負担となっています。
音声ファイルの文字起こしをスムーズに！ Pythonでノイズ除去と音量正規化 (Google Colab)
音声データを文字起こしする際、ノイズや音量のばらつきは悩みの種ですよね。特に大量のファイル処理には、事前準備が欠かせません。
Excel で作った表で誤字を一括修正 (Google Colab)
音声認識で議事録作成は楽になったけど、誤字の修正が面倒くさい… 特に、人名や専門用語などを毎回修正するのは本当に大変ですよね。
UMINサーバーWordPress が php アップデートで表示されなくなった人へ
このPHPバージョンアップに伴い、主にバーチャルホスト機能（http://アカウント.umin.jp/など）を使用している方を中心に、ウェブサイトが表示されなくなった方々を散見します。これまでの事例から現状での対応方法をまとめてみました。
医学生・医師のライフキャリアワークブック
『医学生・医師のライフキャリアワークブック』を読み、本人の自己決定を尊重するキャリア教育、教員の倫理、健康の社会的決定要因への対応と燃え尽きについて考えます。
#能登半島地震 の報道を見て落ち着かない方へ
このメッセージは心理的応急処置 (PFA: psychological first aid, サイコロジカルファーストエイド) 並びに国連が提唱する精神保健及び心理社会的支援 (MHPSS: Mental health and psych…
2022年1月から自死（自殺）理由の集計方法の変更について
JAMA Network Open に Research Letter が掲載されました。 2022年1月から自死理由の集計方法が変更されたことを受けて、実際にどのくらいの影響が出ているかについて調べました。
修正箇所を蛍光ペンで一括マークする
学術論文の執筆は研究者にとって重要なプロセスであり、自分の研究成果を世界に発信する手段となります。しかし、論文が学術誌に掲載されるまでの道のりは、多くの場合、査読や修正が繰り返される長いものです。
倫理的なChatGPT初稿執筆活用
2023年1月24日、Nature誌は論文執筆にAIのChatGPTを使用することに関して規制を設けると発表しました 。この発表を皮切りに、AI と 論文執筆の適切な関係性について様々な意見が飛び交っています 。
精神科分野の publication bias および学会発表からの英語論文化率
今週号の医学界新聞に寄稿が掲載されました。先日、PCNに受理された論文についてKazu先生(@peacewaffle )と対談形式で論文執筆の過程を振り返っています。
精神科後期研修おすすめ書籍：精神科の先生方にアンケートを取ってみました
先日、いりとあきいさ先生の一連の精神科後期研修のおすすめ書籍をまとめたページを作成しました。
学術大会で 音声動画発表スライドデータ を求められたときに: .mp4 を FFmpeg でサイズ圧縮
COVID-19感染症の流行で、学術大会や研究会でオンライン開催が増えています。音声動画データの提出が求められることがあり、「 .mp4、 500 MB 以内 で作成してください」といった指定が入ることもあります。
【時短レビュー】 コロナ禍における日本の自殺 文献リスト (4月13日更新)
限られた時間で全体を把握する目的と、現在のトピックを縦断的に把握する目的で、一つテーマを決めて関連した論文の見出しと Abstract を日本語に翻訳しています。
【抄録翻訳】J EPIDEMIOL, 31(4); 2021
限られた時間で全体を把握する目的と、現在のトピックを横断的に把握する目的で、オープンアクセスである日本疫学会誌 Journal of Epidemiology の見出しと Abstract を日本語に翻訳しています。
臨床医のための疫学入門
連載「臨床医のための疫学シリーズ」と医学における因果推論の総説へのリンクを整理し、疫学用語、研究仮説とDAG、バイアス、統計学の役割を学べる資料を紹介します。
精神科後期研修書籍
いりとあきいさ先生が紹介した精神科後期研修の書籍を、初診・診断面接、症候学・精神病理、精神薬理などの分野別に整理し、研修中に読みたい本を探せるようにしました。
【書評】「データ分析のためのデータ可視化入門」: How to だけでなく可視化の Mindset が分かる本
キーラン・ヒーリーの『データ分析のためのデータ可視化入門』を読み、Rで図を描く手順に加えて、可視化の考え方をどう学べるかを、地理空間データの章にも触れながら紹介します。
Rstudio 1.4 で Zotero を利用する
Rstudio 1.4 になって、visual markdown editor を使って、Zoteroから簡単に文献を引用できるようになりました。
Docker で Rstudio ver 1.4 をインストールする
Rstudio 1.4 がリリースされ、Docker内でも使えるようになりました。1.4 ではvisual markdown editor が特徴的です。
【抄録翻訳】J Epidemiol, 31(1); 2021
限られた時間で全体を把握する目的と、現在のトピックを横断的に把握する目的で、オープンアクセスである日本疫学会誌 Journal of Epidemiology の見出しと Abstract を日本語に翻訳しています。
Rstudio エディタの日本語入力をポップアウト後も表示する方法
Rstudio のエディタ（Sourceペイン）に関して、一番左のタブのエディタでは、日本語入力が確定する前は表示されないという事象が起こっていました。
よく使うR小技集(随時更新)
データラングリングや可視化、分析をするためにRを操作していると、以前書いたコードを忘れて、調べるたびに同じ頁に行き着くことがあります。一定回数以上「あれ、どうだったっけな？」と思って調べた小技について、随時掲載していきます。
電話番号の情報のみで オンライン面会 を調整するマニュアルテンプレート配布
治療・療養中の人たちの支えとなるのは、その人にとって大事な家族やパートナーの存在であると考えます。もちろん、家族やパートナーの方々にとっても同じことでしょう。
Rstudio のプロジェクトフォルダにある .git と .Rproj.user を Dropbox 非同期に設定する
Rstudio を使っていると Dropbox が常に同期状態となっていることがあります。 Rstudio 内のプロジェクトファイル監視機能と、 Git の一時ファイルが競合しているようです。
サブディレクトリで管理している Rmarkdown のデフォルトパスを設定する
Rmarkdown (.Rmd)ファイルをサブディレクトリで管理していると、外部ファイルへのパス指定で戸惑うことがあります。デフォルトでは、Rチャンク（chunk）の作業ディレクトリは、.Rmdファイルのあるディレクトリになります。
Zotero で citation keys を設定する ( zotero-better-bibtex )
文献管理ソフトは、私は Zotero を使っています。理由は色々あるのですが、一言でいえば、無料で使えて拡張性があり、急に今使っているマシンが壊れても設定次第ですぐに代替機で復旧できるところが大きいです。
Docker-compose を使って Rstudio を管理する
前回、Docker で Rstudio を起動する記事を書きました。そのままでも問題ないのですが、Docker run する際に、毎回長いコードを書くのも覚えるのも大変です。
RstudioをGitHubとプロジェクトテンプレートで管理する
Rstudioを使うにあたり整理方法を決めておかないと、プロジェクトが増えれば増えるほど、どのスクリプトが最新で、どのような内容で、そこで生成したファイルがどこにいったのか、わからなくなってきます。
Rの冒頭記載コードの統一化：{pacman}の活用、環境の初期化とメモリ領域の解放
Rのスクリプトの冒頭で毎回書く処理をそろえるため、pacmanでパッケージの導入と読み込みをまとめ、作業環境の初期化やメモリ領域の解放を行うコード例を紹介します。
Docker環境 Rstudio で文字化け回避、Host/Container間のファイルシステムの共有に関する覚書
今まで、データ分析にはデスクトップ版のRstudioを使っていたのですが、最近Docker環境下のRstudio Serverに移行しました。
UMINサーバー に WordPress を導入する
以前（数年前）、UMINサーバーへのMySQL導入について記事にしたことがあったのですが、色々いじっていたら動かなくなってしまい、しばらく放置していました。